Koncepcja inteligentnej specjalizacji zakłada, że przewaga konkurencyjna danego terytorium może zostać osiągnięta i utrzymana dzięki koncentracji zasobów na ograniczonej liczbie celów gospodarczych. U swoich podstaw Mazovian StartUPolis zakłada koncentrację na wysokich technologiach, które w powiązaniu z celami gospodarczymi pozwolą na efektywne wsparcie rozwoju Makroregionu Polski Wschodniej zgodnie z priorytetami określonymi w dokumencie „Wspólne obszary inteligentnych specjalizacji regionów Polski Wschodniej”.